Namun sayang, usia NIAC Mitra tak berlangsung lama. Mereka akhirnya resmi bubar pada 24 September 1990 karena kekecewaan sang pemilik bernama Agustinus Wenas dengan aturan PSSI yang melebur kompetisi Perserikatan dengan Galatama.
NIAC Mitra menggelar pertandingan perpisahan pada 1 Oktober 1990 di Stadion Gelora 10 November. Namun laga tersebut berakhir pahit karena kalah 1-5 dari Johor Malaysia.
NIAC Mitra sebenarnya pernah kembali berdiri dengan nama baru Mitra Surabaya yang didania pemilik Jawa Pos, Dahlan Iskan. Namun dalam perjalanannya, lagi-lagi berganti nama dan kepemilikan, hingga kini akhirnya akrab dikenal sebagai Mitra Kukar yang bermarkas di Kalimantan.
Baca Juga:Polisi Temukan Senpi Berkarat Saat Tangkap John Kei dan Anak Buah di Bekasi