Pada 11 Februari 2021, Whisnu sempat menjadi Wali Kota Surabaya. Namun masa jabatannya hanya enam hari. Pada 17 Februari 2021 masa jabatannya berakhir. Masa jabatan itu tercatat paling cepat sepanjang pemerintahan di Surabaya.
Meninggalnya Whisnu Sakt Buana dikarenakan sakit jantung. Whisnu yang juga merupakan anak dari almarhum Sekjen PDIP, Soetjipto Soedjono ini dimakamkan di TPU Keputihan, Surabaya.
