Saat ini, ia merupakan Pengasuh Pondok Pesantren Asy-Syakiroh 2 Buntet Pesantren Cirebon. Ia juga Sekretaris Bidang Pendidikan Yayasan Lembaga Pendidikan Islam (YLPI) Buntet Pesantren Cirebon. Ia juga mengajar di Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah (STIT) Buntet Pesantren.
Selain didapuk jadi Ketua Umum PB PMII, Muhammad Abdullah Syukri kini juga menjalankan aktifitas di Jakarta sebagai Wakil Direktur Center for Indonesian Policy Analysis (CIPA), Indonesian Returning Expert di Korporasi Jerman untuk Kerjasama Internasional, dan Tim Asistensi Staf Khusus Presiden Republik Indonesia.
