Pada tanggal 1 September 2016, Gatot Brajamusti dinyatakan sebagai tersangka dengan tuduhan kepemilikan senjata ilegal dan penggunaan narkoba.
Gatot Brajamusti diketahui menjalani total hukuman 20 tahun penjara dari 3 kasus yang menimpanya. Kasus pertama yaitu kasus kepemilikan dua senjata api ilegal, yakni pistol jenis Glock dan Walther, lengkap dengan ratusan amunisinya.
Pada 12 Juli 2018, PN Jaksel menjatuhkan hukuman 1 tahun penjara kepada Gatot Brajamusti.
Kasus kedua yang membelit Gatot Brajamusti adalah pemerkosaan terhadap anak. Di kasus itu, Aa Gatot sapaannya divonis 9 tahun penjara.
Baca Juga:Sakit Stroke, Mantan Ketua PARFI Gatot Brajamusti Meninggal Dunia
Dia terbukti melakukan tipu muslihat kepada anak yang berumur dibawah 17 tahun.
Hukuman Gatot Brajamusti genap 20 tahun penjara di kasus narkoba. Pengadilan Tinggi (PT) Mataram menjatuhkan hukuman 10 tahun penjara atas kepemilikan sabu.