Pengukuran yang dilakukan Setara Institute menggunakan paradigma negative right sesuai dengan karakter kebebasan sipil-politik, yang diukur secara negatif.
Indeks Kota Toleran juga memeriksa tindakan positif pemerintah kota dalam mempromosikan toleransi, baik yang tertuang dalam kebijakan, pernyataan resmi, respon atas peristiwa, maupun upaya membangun budaya toleransi di masyarakat.
