Namun, tidak ada dokumen yang menyebut jumlah pemukim Yahudi pada awal pendirian Batavia. Setelah VOC bangkrut pada 1799, Pemerintah Hindia-Belanda juga tidak mencatat jumlah orang Yahudi di kota-kota di Jawa dan Sumatra.
VOC dan Pemerintah Hindia-Belanda memang menjalankan politik segregasi etnis, tapi tidak memisahkan Yahudi dari masyarakat Belanda. Politik segregasi hanya mencakup orang-orang China, inlander (pribumi), Arab, Moor, dan kulit putih non-Belanda.
Yahudi asal Belanda masuk ke dalam kelompok pemukim Belanda. Sedangkan, Yahudi yang datang dari Jerman, Prancis, Spanyol, Austria, Inggris, dan lainnya masuk kelompok masyarakat kulit putih non-Belanda.
Namun, Yahudi yang datang ke Hindia-Belanda tidak hanya berasal dari Eropa, tapi juga dari wilayah Kekaisaran Ottoman, yaitu Irak. Komunitas Yahudi Shepardic di Surabaya berasal dari Irak dan menyebut diri Yahudi Baghdadi.
Baca Juga:Pecatan Polisi Ini Dibekuk Sebab Terlibat Curanmor di Surabaya
Terdapat indikasi pemerintah Hindia-Belanda mengintegrasikan mereka ke dalam masyarakat Arab. Rumah-rumah Yahudi Baghdadi di Surabaya, plus sinagogue mereka, terdapat di lingkungan permukiman Arab.
Catatan penting tentang eksistensi Yahudi di Nusantara ditulis Rabbi Yacob Saphir. Dalam perjalanan ke Australia untuk mengumpulkan dana bagi pembangunan permukiman Yahudi di Palestina, Rabbi Saphir tiba di Singapura, kota di Asia Tenggara dengan pemukim Yahudi Shepardic yang mapan; memiliki beberapa sinagogue dan rabbi.
Sebelum bertolak ke Australia, Rabbi Saphir disarankan mengunjungi masyarakat Yahudi di Batavia, Semarang, dan Surabaya. Ia memenuhi saran itu dan mengunjungi tiga kota di Jawa pada 1861, untuk bertemu keluarga-keluarga Yahudi.
Di Batavia, Rabbi Saphir bertemu 20 keluarga Yahudi. Dalam catatan perjalanannya ia menulis, "Mereka tidak lagi menjalankan ritual Judaisme, mengadakan upacara brit milah (mengkhitan anak laki-laki), karena ketiadaan pemuka agama."
Jika keluarga Yahudi di Batavia ingin mengkhitankan anak laki-lakinya, mereka harus mengumpulkan banyak uang untuk memanggil rabbi dari Singapura. Situasi serupa juga dijumpai Rabbi Saphir di Semarang, tapi tidak di Surabaya.
Baca Juga:Jadwal Pertandingan Belum Jelas, Aji Santoso Bingung Tentukan Taktik Persebaya
Di Surabaya, Rabbi Saphir menemukan sinagogue yang terpelihara, dengan masyarakat Yahudi Shepardic di sekelilingnya. Di sini, brit milah dijalankan dengan baik karena ada rabbi yang siap memimpin upacara. Minyan atau ritual umum yang harus diikuti minimal 10 laki-laki setiap Sabat, terpelihara.
Rabbi Saphir juga mencatat Yahudi di Batavia dan Semarang berasal dari Jerman dan Belanda dengan latar belakang Azhkenazim. Mereka tidak hanya murtad terhadap ajaran, tapi ikut-ikutan merayakan Natal.
"Di Semarang dan Batavia, tidak ada pemakaman khusus Yahudi. Di Surabaya, Yahudi Baghdadi memiliki tanah wakaf untuk pemakaman," demikian dijelaskan Rabbi Saphir.
